Algo menos antiguos (de hace unos 2.000 años) son los restos romanos aparecidos en El Llano, Soreta y Solano, en este último, un ara dedicada a Júpiter y una figurita de bronce, lo que indica que se seguía habitando la zona, aunque no la localidad.

A mediados del siglo IX debía de ser una de las plazas importantes del reino pamplonés. Muhammad ibn Lup, uno de los grandes caudillos de la familia Banu Qasi, se alzó contra sus familiares y extendió sus dominios ocupándoles Zaragoza, Valtierra, Tudela y San Esteban de Deio. Penetró en el reino y se enfrentó al rey García Iñiguez, muerto en la batalla; poco después arrasaba el castillo de Aibar: En el año 882 “fractus est castro de Aybaria a Mohamed ben Lup”. El castillo de Aibar, del que tan solo queda su topónimo (el cerco), desde su estratégico emplazamiento, vigiló las incursiones agarenas del valle del Ebro por el curso del Aragón.

Deberemos esperar al S. XI para que la villa y su señorío adquieran protagonismo. Es a raíz del hijo que el rey Sancho el Mayor tuvo con la dama aibaresa doña Sancha. Este hijo no es otro que Ramiro (futuro Ramiro I rey de Aragón) que recibe en herencia, además de las tierras aragonesas, la villa de Aibar y su señorío (año 1035). Esta extraña situación cambia ya el año 1062 en el que Aibar vuelve a manos navarras.

Nuevamente los aragoneses toman la villa el año 1.200 (S.XIII) en su lucha contra Navarra y su rey Sancho VII el Fuerte. En esta ocasión Aragón forma alianza con Castilla que le arrebata Álava y Guipúzcoa. Por fortuna el propio rey recupera la villa para Navarra y ya será siempre parte del reino navarro.

Como villa de realengo, siguió abonando pecha a la corona, hasta que en 1368 fueron recucidas por Carlos III en dos sueldos anuales por cada casa.

El 27 de Marzo de 1397 y en atención a “la gran lealtat, penas e trabajos que los francos de nuestra villa han mostrado e pasado en tiempos de guerra y adversidades les hizo" hijosdalgo a todos y extiende esta gracia a cualquiera otras personas , hombres e mujeres e crianzones que allá fuesen a vivir tanto por casamiento como por cualquier otro motivo” y la posibilitan para “comprar sacar e llevar el vino de su cosecha hasta las partidas de Aragón, Castilla y otros reinos y señoríos".

Nuevamente la villa de Aibar se cita en una carta que Doña Blanca de Navarra envía a su esposo Don Juan el 17 de Septiembre de 1425 y en la que se ensalza la valentía de los aibareses.

Años después (1451–1452) Juan II y el Príncipe de Viana luchan en Aibar. Derrotado el príncipe es hecho prisionero por su padre. Es una triste época de guerra civil. Navarra se divide entre padre e hijo quedando Aibar fiel a Don Carlos el Príncipe de Viana a quien reconoce como heredero legítimo.

Es el propio Príncipe Carlos quien en 1459 “la instituyó e hizo noble y buena villa en el reyno” y le dio el título de "muy leal y fidelísima".

Fue buena villa con asientos en cortes. Durante el siglo XVI vivió tiempos de prosperidad, reflejada en la ampliación del templo parroquial de San Pedro, en el que fue sustituida la cabecera románica triabsidal por la actual con el crucero y la portada plateresca de acceso. De esta época son también un crucero con el escudo de armas de la villa en el fuste, y una custodia de plata.

Existían en Aibar dos palacios, el deyuso, “que le dicen del río” cuyo escudo era de cinco fajas de azur en campo de oro y el de suso o casa del barrio de arriba que traía por armas seis paveses de oro en campo de gules. Contaba Aibar además de con las dos iglesias románicas de San Pedro y Santa María que se conservan en la actualidad, con las ermitas de San Julián, San Felices, San Jaime, San Juan Bautista, San Lorenzo, San Miguel, San Millán, San Roque, Santa Cecilia, Santa Lucía y Santa Romana, todas ellas desaparecidas, de algunas de las cuales se conserva su recuerdo en los nombres de término. Se conserva en cambio la ermita de San Joaquín.

Durante la Guerra de la Independencia los franceses fusilaron al alcalde, al vicario y a cinco vecinos. A otros los deportaron a Francia o los encarcelaron o les expoliaron sumas apreciables de dinero.

Durante los tiempos modernos, formaban el valle al que Aibar da nombre, y del que es cabeza, La Valdaibar: Abaiz, Arteta, Ayesa, Eslava, Ezprogui, Gallipienzo, Gardaláin, Guetádar, Julio, Leache, Lerga, Loya, Lumbier, Moriones, Peña, Rocaforte, Sabaiza, Sada, Usumbelz, Izco y Javier. En 1844 Aibar obtuvo de la Diputación su separación del valle, a pesar de la oposición de los restantes integrantes de la comunidad; pero fue en 1846 cuando se hizo efectiva la medida, a la vez que se deshacía todo el valle en varios ayuntamientos.